Chi bộ trường THPT Phú Ngọc được thành lập theo quyết định số 343 - QĐ/HU ngày 12 tháng 12 năm 2007 của Huyện ủy Định Quán với 03 đảng viên chính thức; đồng chí Nguyễn Văn Hùng được Huyện ủy chỉ định giữ chức vụ Bí thư lâm thời. Đến tháng 09 năm 2009 đồng chí Dương Hữu Đường được Huyện ủy Định Quán chỉ định giữ chức vụ bí thư Chi bộ được thay đồng chí Nguyễn Văn Hùng chuyển công tác.
Ngày 27/5/2010 Đại hội Chi bộ lần thứ I, nhiệm kỳ 2010 – 2015 đồng chí Dương Hữu Đường được chi bộ bầu giữ chức vụ Bí thư chi bộ và Huyện ủy Định quán chuẩn y theo Quyết định số 747 – QĐ/HU tháng 6 năm 2010.
Tại Đại hội Chi bộ lần thứ II, nhiệm kỳ 2015 – 2020 đồng chí Dương Hữu Đường được chi bộ bầu giữ chức vụ Bí thư chi bộ và Huyện ủy Định quán chuẩn y tháng 6 năm 2015.
Tại Đại hội Chi bộ lần thứ III, nhiệm kỳ 2020 – 2025 đồng chí Lê Văn Như được chi bộ bầu giữ chức vụ Bí thư chi bộ và Huyện ủy Định quán chuẩn y theo tháng 6 năm 2020.
Tại Đại hội Chi bộ lần thứ IV, nhiệm kỳ 2025 – 2030 đồng chí Lê Văn Như được chi bộ bầu giữ chức vụ Bí thư chi bộ và Huyện ủy Định quán chuẩn y theo tháng 6 năm 2025.
Ngày 01/10/2026 Đảng Uỷ Xã Định Quán công bố quyết định thành lập Đảng bộ và Quyết định chỉ định Ban Chấp hành Đảng bộ, Bí thư, Phó Bí thư Đảng uỷ nhiệm kỳ 2025 -20230 đối với trường THPT Phú Ngọc. Một cột mốc quan trọng trong công tác xây đụng Đảng tại trường THPT Phú Ngọc.
Trên chặng đường phát triển phía trước, Đảng bộ trường THPT Phú Ngọc tiếp tục đẩy mạnh nhiệm vụ lãnh đạo công tác chính trị, tư tưởng, các đoàn thể tổ chức chính trị, xã hội; xây dựng khối đoàn kết, tập hợp các lực lượng để thực hiện có hiệu quả các nhiệm vụ và mục tiêu của tập thể sư phạm nhà trường.
